Viện Khoa học môi trường, biển và hải đảo trực thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường thành lập trên cơ sở tổ chức lại Viện Khoa học môi trường trực thuộc Tổng cục Môi trường và Viện Nghiên cứu biển và hải đảo trực thuộc Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam.

Viện có chức năng nghiên cứu cơ bản và ứng dụng, phát triển công nghệ về môi trường, biển và hải đảo phục vụ quản lý nhà nước về môi trường, biển và hải đảo; thực hiện các dịch vụ khoa học và công nghệ về môi trường, biển và hải đảo theo quy định của pháp luật.