Điểm nổi bật của Thông tư số 41/2025/TT-BTC là Kho bạc Nhà nước (KBNN) khu vực và phòng giao dịch sẽ chịu trách nhiệm nhập và phê duyệt dự toán ngân sách cấp xã trên hệ thống TABMIS, cũng như nhập lệnh chi tiền.

Các quy định liên quan đến cơ quan cấp huyện và ngân sách cấp huyện sẽ được bãi bỏ hoặc sửa đổi để phù hợp với cơ cấu tổ chức mới.

Các đơn vị, tổ chức có thể đăng ký và sử dụng tài khoản tại kho bạc nơi đơn vị đóng trụ sở chính hoặc nơi thuận tiện giao dịch.

Quy định phải có sự đồng ý của KBNN cấp trên khi đăng ký tài khoản tại địa phương khác được bãi bỏ, tạo điều kiện thuận lợi hơn cho đơn vị giao dịch.

Các quy định liên quan đến cơ quan cấp huyện và ngân sách cấp huyện cũng sẽ được bãi bỏ hoặc sửa đổi.

Bên cạnh đó, Thông tư số 41/2025/TT-BTC sửa đổi mục lục ngân sách để theo dõi kinh phí cho các hoạt động về khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số, phù hợp với các quy định mới của Luật Ngân sách nhà nước và Luật Khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo.

Việc bổ sung các nội dung này trong hệ thống mục lục ngân sách sẽ là cơ sở quan trọng để các bộ, ngành, địa phương xây dựng, phân bổ, theo dõi và quyết toán ngân sách cho các hoạt động gắn với phát triển khoa học công nghệ, phù hợp với xu hướng chuyển đổi số mạnh mẽ trong khu vực công.

Thông tư số 41/2025/TT-BTC không làm phát sinh thêm thủ tục hành chính hay chi phí triển khai. Các nội dung sửa đổi, bổ sung chủ yếu cập nhật trên hệ thống thông tin điện tử hiện hành (TABMIS), đồng thời tận dụng bộ máy tổ chức sẵn có của KBNN và các đơn vị giao dịch để thực hiện.

Nhờ vậy, các cơ quan, đơn vị sẽ không bị gián đoạn trong quá trình xây dựng dự toán, giao dự toán, thực hiện chi ngân sách Nhà nước, kể cả trong giai đoạn cao điểm chuyển giao mô hình tổ chức chính quyền hai cấp. Thông tư số này cũng tạo thuận lợi tối đa cho các địa phương khi thực hiện sáp nhập, đảm bảo hoạt động bình thường, thông suốt của bộ máy hành chính và các đơn vị sử dụng ngân sách.